大ヒットＴＶアニメシリーズ、待望の劇場版！魔法少女（ウィッチ）たちの新たなる戦いが始まる――1945年、扶桑皇国。魔法の箒＝「ストライカーユニット」を身にまとい、異形の敵「ネウロイ」と世界各地で戦い続ける１０代の少女（ウィッチ）たち。その"ウィッチ"の一人である宮藤芳佳は先の戦いで全ての魔法力を失ってしまったが、医者をめざし、勉強に励んでいた。そんな芳佳のもとに、扶桑海軍士官候補生・服部静夏が訪れる。彼女が伝えにきたのは、芳佳への欧州留学の辞令であった！人々を救うため、欧州で医学を学ぶことを決意した芳佳。その頃、欧州では敵の不穏な動きに再び緊張が高まっていたのだった...。芳佳と静夏、欧州への旅路につく2人を待ち受けるものとは――？