フェストゥムに追われる人類軍輸送機救援のため、ファフナーの出撃が決まった。2年ぶりの戦争。だが、広登たちは気負う事なく、笑顔を見せながらファフナーに乗りこんだ。<br>敵はスフィンクス型1体。ファフナーは、広登、里奈、暉、芹、そして真矢の5機。優勢に戦闘を進めるファフナー部隊だが、経験を積んだ敵は新たな戦い方を学び、仕掛けてくる。優勢だった戦いも、やがて劣勢へと追い込まれてゆく。島のパイロットたちは見た事もない敵の戦法に戸惑う。<br>そこへ、思いがけない増援が合流。広登たちを援護しはじめた……！<br>脚本：冲方 丁　コンテ：実原 登　演出：髙橋 秀弥　キャラクター作画監督：白井 瑶子　メカニック作画監督：古川 信之　メカニック総作画監督：大浪 太<br><br>動画一覧は<a href="http://ch.nicovideo.jp/channel/fafner-exodus">こちら</a><br>第1話 <a href="https://www.nicovideo.jp/watch/1420792285" class="watch">watch/1420792285</a><br>第3話 <a href="https://www.nicovideo.jp/watch/1421985087" class="watch">watch/1421985087</a>